Bizonyított, hogy a mesenchymalis őssejtek különösen fontosak a különböző immunsejtek életben tartásában, a vér alakos elemeinek mennyiségi szabályozásában. Köldökzsinórból nyert mesenchymalis őssejtek képesek a haemopoetikus őssejtek támogatására, amely kiemelt fontosságú funkció az őssejt transzplantációk során. Különösen fontos, hogy úgynevezett immunszupresszív tulajdonsággal is bírnak, így szerv-transzplantációknál, graft versus host disease (GVHD) kezelésében, gyulladások csökkentésében sikeresen alkalmazhatóak.

A kutatók fontos szerepet tulajdonítanak a mesenchymalis őssejtek májregenerációs képességének. A mesenchymalis őssejtek elősegítik az inzulintermelő sejtek regenerációját, képesek inzulintermelő sejtekké differenciálódni, ezáltal ígéretes terápiás lehetőséget jelentenek az I. típusú diabetes gyógyítására. A legújabb klinikai eredmények a légzőrendszert érintő betegségek és a sérülések mesenchymalis őssejtekkel történt sikeres gyógyításáról szólnak. Alkalmasak bőr és epithelsejtek létrehozására így súlyos égési sérülések vagy az urogenitális traktus bizonyos mértékű gyógyítására is. A szív és érrendszeri betegségek gyógyítására is sikeresen alkalmaztak mesenchymalis őssejteket, hiszen ezekből a sejtekből erek és szívizom is létrehozható, amelyek kiemelt jelentőséggel bírnak pédául szívinfarktus kezelésében. Idegrendszeri betegségek gyógyítására is kiválóak lehetnek a köldökzsinór eredetű őssejtek, több kutatócsoport is sikeresen alkalmazott Wharton kocsonya eredetű mesenchymalis őssejteket klinikai tesztekben neurológia betegségek (gerincsérülés, Parkinson kór) gyógyítására.

Napjainkban intenzív kutatás folyik a mesenchymalis őssejtek tulajdonságainak még pontosabb megismerésére, biztonságos felhasználásukra és olyan új terápiás eljárások kifejlesztésére, amelyek számos már létező kezelés hatékonyságát növelik, illetve olyan betegségeknél is reményt jelenthetnek, amelyek gyógyítására eddig nem volt lehetőség.