Magyarországon az első őssejt-transzplantációt (vérképző őssejt-transzplantáció) 1974-ben végezték el. Az eljárás 1984-től vált rendszeressé a rutin orvosi gyakorlatban. Az elvégzett több, mint 2000 beavatkozás hátterében szinte valamennyi az őssejt-transzplantáció orvosi javallatának körébe tartozó betegség megtalálható volt.
Ma hazánkban öt egészségügyi intézményben végeznek őssejt-transzplantációt. Ezek a Fővárosi Önkormányzat Egyesített Szent István és Szent László Kórháza, a BAZ Megyei Önkormányzat Gyermekegészségügyi Központ, a Pécsi Tudományegyetem Általános Orvostudományi Kar, a Debreceni Egyetem Egészségügyi Centrum, és a Szegedi Tudományegyetem II. Belklinika.
A köldökzsinórvér-őssejt transzplantáció Magyarországon szintén sikeres múltra tekint vissza és a jelen is követi a nemzetközi trendeket.
Az első köldökzsinórvér-őssejt transzplantációra 2001 októberében került sor. Azóta a transzplantációs intézetek rendszeresen használnak fel mind felnőttek, mind pedig gyermekek őssejt-transzplantációjához köldökzsinórvér eredetű őssejteket. A transzplantációkhoz felhasznált vérképző őssejtek forrását tekintve, a köldökzsinórvér eredetű őssejtek aránya hazánkban is növekvő tendenciát mutat. A felhasznált köldökzsinórvér eredetű őssejtek döntően külföldi közösségi őssejtbankokból származtak, bár többször fordult elő az is, hogy a beteg gyermek kistestvérének (rokon donor) köldökzsinórvér-őssejtjeivel végeztek transzplantációt. Volt olyan eset, hogy a beteg gyermek kistestvérének köldökzsinórvérét az őssejt-transzplantációt megelőzően hazai családi őssejtbankban dolgozták fel és tárolták el. Megtörtént már, hogy egy beteg transzplantációjához két különböző idegen donortól származó köldökzsinórvér eredetű őssejtet használtak fel. Előfordult az is, hogy laboratóriumi körülmények között felszaporított köldökzsinórvér eredetű őssejteket transzplantáltak.
Az őssejt-transzplantáció az Országos Egészségbiztosítási Pénztár (OEP) által finanszírozott ellátások közé tartozik. Az ellátásra jogosult betegnek az őssejt-transzplantáció orvosi javallatának körébe tartozó betegség esetén a hazai transzplantációs intézetben végzett beavatkozásért nem kell fizetni.
Egy őssejt-transzplantáció teljes költsége az eset körülményeinek függvényében hazai transzplantációs intézetben elérheti a 40-50 millió forintot. Nyugat-Európában vagy az USA-ban végzett őssejt-transzplantáció költsége ennél jóval nagyobb, átszámítva 140-150 millió forint is lehet. (Ha az őssejt-transzplantációhoz idegen donortól származó köldökzsinórvér eredetű őssejteket használnak fel, annak külföldi közösségi őssejtbankokból történő beszerzésének költsége önmagában 4-5 millió forint között van.)